Clarisse Stein est diplômée d'histoire et d'archéologie de l'université Marc Bloch de Strasbourg. En 2000, elle devient professeure des écoles dans l’académie de Guyane. En 2007, elle intègre le cabinet du directeur académique du Val de Marne en qualité de chargée de communication. 

En 2010, Clarisse Stein devient cheffe d'établissement au sein de l'académie de Créteil. Elle est élue présidente du GRETA Métiers et Techniques Industrielles (MTI) en 2019 et participe ainsi au développement de la formation continuée auprès de ses pairs.

Clarisse Stein devient directrice académique adjointe dans le département du Nord, au sein de l'académie de Lille en mai 2021. Elle est notamment en charge de l’Éducation prioritaire et de l'expérimentation du dispositif "8h- 18h". L'expérimentation académique de la mise en œuvre des Contrats Locaux d'Accompagnement et celle de la "6ème tremplin" lui sont également confiées.