Ces établissements médico-sociaux, publics ou privés, se caractérisent par des spécificités qui permettent de répondre aux besoins des enfants et adolescents handicapés.

On distingue :

• Les instituts médico-éducatifs (IME) qui accueillent les enfants et les adolescents atteints de déficiences mentales
• Les instituts thérapeutiques, éducatifs et pédagogiques (ITEP) qui accueillent les jeunes souffrant de troubles de la conduite et du comportement 
• Les établissements pour polyhandicapés qui s'adressent aux enfants et adolescents présentant des handicaps complexes, à la fois mentaux et sensoriels et/ou moteurs 
• Les instituts d'éducation sensorielle (handicaps auditifs et visuels) portent des noms variables 
• Les établissements pour enfants et adolescents présentant un handicap moteur sont souvent appelés IEM (instituts d'éducation motrice)

L'orientation vers ces établissements relève d'une décision de la commission des droits et de l'autonomie des personnes handicapées. Le coût de la prise en charge y est assuré par l'assurance maladie. Ces établissements sont placés sous la tutelle de l'Agence Régionale de Santé.

L'organisation et le fonctionnement des établissements médico-sociaux

Des enseignants spécialisés sont présents dans ces établissements. Ils sont, soit des maîtres de l'enseignement public, soit des maîtres de l'enseignement privé sous contrat.
Le nombre des enseignants et l'organisation de la scolarité sont variables d'un établissement à un autre. Dans tous les cas, le travail des enseignants s'effectue en référence aux programmes officiels dans le cadre d'une pédagogie adaptée. Leur action s'inscrit dans le projet global de l'établissement en complément des actions éducatives et thérapeutiques qui sont également proposées.
Quelles que soient les modalités de scolarisation et de formation proposées, elles s'inscrivent toujours dans le cadre du projet personnalisé de scolarisation de l'élève.

Divers dispositifs sont repérables :

• Pour les adolescents, à partir de 14 ans, des formations professionnelles sont proposées. Elles sont le plus souvent assurées par des éducateurs techniques spécialisés
• Dans certains cas, il peut arriver que l'établissement spécialisé propose une scolarisation dans des établissements scolaires de proximité. On trouve ainsi une classe d'un IME (ou d'un autre établissement spécialisé) qui, installée dans une école ordinaire ou dans un collège, recherche un fonctionnement proche de celui d'une CLIS ou d'une ULIS
• Dans d'autres cas, c'est dans le cadre du PPS qu'un enfant ou un adolescent pourra profiter d'une scolarisation partielle dans une classe d'école ou de collège
• Ces dispositifs doivent, avec souplesse et adaptabilité, répondre, dans le cadre de leur PPS, aux besoins spécifiques de chaque enfant ou adolescent handicapé

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