Depuis 1997, un « Pôle Handicap » a été créé au centre de Toulouse pour offrir des solutions adaptées aux enfants et adolescents que leur handicap ou leur maladie empêchent de suivre un enseignement ordinaire. Il propose ainsi, à partir de l'âge de cinq ans, des cursus scolaires adaptés. L'inscription peut se faire à tout moment de l'année, après avis de la commission des droits et de l'autonomie des personnes handicapées ou du DASEN (Directeur académique des services de l'éducation nationale). Un soutien pédagogique à domicile par un enseignant rémunéré par le CNED peut être proposé à l'élève.

Par ailleurs, la scolarisation d'un élève handicapé dans un établissement ordinaire peut être envisagée à temps partiel, afin de permettre à l'enfant ou à l'adolescent de continuer à bénéficier des soins et des rééducations nécessaires. Dans ce cas, l'élève peut être inscrit au CNED pour recevoir par correspondance les enseignements qu'il ne peut pas suivre en classe.

L'inscription se fait pour la durée de l'année scolaire et les résultats obtenus sont transmis au conseil de cycle (à l'école) ou au conseil de classe (au collège et au lycée). Comme dans le cas d'une scolarité complète à distance, l'élève inscrit au CNED peut bénéficier à son domicile de l'aide pédagogique d'un enseignant rémunéré par le CNED